| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| カオスクリスタル | 逸楽の宮殿ザナドゥ -AF???- | コイン10000枚と交換(デフレーションONで7500枚、新都アカデミアAF4xxでのイベント後入手可能) |
| ブラックホールジェム | アルカキルティ大平原 -AF???- | 落：マルドゥーク |
| ホワイトホールジェム | コロシアム -AF???- | イベント |
| エントロピー回路 | アガスティアタワー -AF300- | イベント |
| ファルガーのコンパス | ヴァイルピークス -AF200- | 依頼：正体不明の魔物を討伐せよ！ |
| 制御装置・第１パスワード | ヤシャス山 -AF110- | 依頼：パスワードをふたつ入手せよ！ |
| 制御装置・第２パスワード | ビルジ遺跡 -AF300- | 依頼：パスワードをふたつ入手せよ！ |
| パラドクススコープ | 新都アカデミア -AF500- | エンディング後に入手 |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| ゴグマゴグの種子α | ネオ・ボーダム -AF003- | 落：ゴグマゴグ(1) |
| ゴグマゴグの種子β | ネオ・ボーダム -AF003- | 落：ゴグマゴグ(2) |
| ゴグマゴグの種子γ | 死にゆく世界 -AF700- | 落：ゴグマゴグ(3) |
| 巨兵アトラスの種子 | ビルジ遺跡 -AF005- | 落：アトラス |
| アロアダイの種子 | ヤシャス山 -AF010- | 落：アロアダイ |
| ミュータントマトの種子 | サンレス水郷 -AF300- | 落：ミュータントマト |
| デミ・ファルシ＝アダムの種子 | アガスティアタワー -AF200- | 落：デミ・ファルシ＝アダム |
| ゼノビアの種子 | 新都アカデミア -AF400- | 落：ゼノビア |
| アメシスト&ルブライトの種子 | 新都アカデミア -AF500- | 落：パコ・アメシスト&パコ・ルブライト |
| プチネロ戦隊の種子 | サンレス水郷 -AF400- | 落：プチネロ戦隊 |
| ゴブリンの種子 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 依頼：ゴブリンを討伐せよ！ |
| ガストの種子 | ビルジ遺跡 -AF005- | 依頼：発掘坑道に現れたシ骸を倒そう！ |
| カラヴィンカの種子 | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：狭間から現れた魔物を倒せ！ |
| インヴィンシブルの種子 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 依頼：さまよえる兵器を狩れ！ |
| ウガルルムの種子 | ヤシャス山 -AF110- | 依頼：いにしえの妖魔を討伐せよ！ |
| オチューの種子 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 依頼：オチューを討伐せよ！ |
| ゴルギュラの種子 | ヤシャス山 -AF01X- | 依頼：さまよえるシ骸を討伐せよ！ |
| ロングイの種子 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 落：ロングイ |
| ヨミの種子 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 依頼：哀しみのシ骸を狩れ！ |
| 正体不明の魔物の種子α | ヴァイルピークス -AF010- | 落：オーディン・ダスク |
| 正体不明の魔物の種子β | ヴァイルピークス -AF200- | 落：オーディン・ダスク |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| 学位：モンスター博士 | 新都アカデミア -AF4XX- | 依頼：完璧なエネミーレポートを見せよう！ |
| 学位：パラドクス博士 | 新都アカデミア -AF400- | 依頼：到達度100％の地図を届けよう！ |
| イデアサーキット | アガスティアタワー -AF200- | 依頼：原因物質TYPE-Aを探そう！ |
| エニグマコーデクス | 依頼：原因物質TYPE-Bを探そう！ | |
| ディファレンスエンジン | 依頼：原因物質TYPE-Cを探そう！ | |
| 旅行ガイド：ネオ・ボーダム | 新都アカデミア -AF400- | 依頼：到達度100％の地図を届けよう！ |
| 旅行ガイド：ビルジ遺跡 | ||
| 旅行ガイド：ヤシャス山 | ||
| 旅行ガイド：ヲルバ郷 | ||
| 旅行ガイド：サンレス水郷 | ||
| 旅行ガイド：新都アカデミア | ||
| 旅行ガイド：アガスティアタワー | ||
| 旅行ガイド：ヴァイルピークス | ||
| 旅行ガイド：アルカキルティ大平原 | ||
| 旅行ガイド：死にゆく世界 |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| ふわふわクリスタル | ビルジ遺跡 -AF005- | 時の迷宮 |
| 時の星砂 | ヲルバ郷 -AF200- | 時の迷宮 |
| 時の貝殻 | ||
| 時の珊瑚 | ||
| くるくるムーンストーン | ヲルバ郷 -AF300- | 時の迷宮 |
| きらきらルーンストーン | ||
| わくわくライムストーン | ||
| どきどきマイルストーン | ||
| らぶらぶスターストーン | ||
| ぷるぷるレッドストーン | ||
| あつあつファイアストーン | ||
| うるうるブラッドストーン | ||
| もふもふロゼッタストーン | ||
| ほろにがシフォン | ヲルバ郷 -AF400- | 時の迷宮 |
| ときめきマフィン | ||
| あこがれシナモン | ||
| わがままパンケーキ | ||
| さよならマドレーヌ | ||
| ほうかごモンブラン | ||
| うそつきミルフィーユ | ||
| なでしこパルフェグラッセ |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| ルテニウムリング | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：気の荒い傭兵をなだめよう！ |
| ロジウムリング | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：時を超えて観測器を回収しよう！ |
| パラジウムリング | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：新兵器の材料を探そう！ |
| オスミウムリング | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：行方不明の助手を探そう！ |
| イリジウムリング | ビルジ遺跡 -AF300- | 依頼：相棒の伝言を聞いてこよう！ |
| プラチナリング | ビルジ遺跡 -AF300- | 依頼：魔物データ記録装置を見つけよう！ |
| ミスリルリング | ビルジ遺跡 -AF300- | 依頼：中佐から報告を聞こう！ |
| アダマンリング | ビルジ遺跡 -AF100- | 依頼：パスワードをふたつ入手せよ！ |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| 幻花ヴァルトラウテ | ヤシャス山 -AF110- | 依頼：サーチライトの整備技師に会おう！ |
| 夢花ゲルヒルデ | 依頼：消えた妹の手がかりを探そう！ | |
| 仙花オルトリンデ | 依頼：テロ組織の手がかりを探そう！ | |
| 希花シュヴェルトライテ | ヤシャス山 -AF100- | 依頼：メッセージ端末を探そう！ |
| 幽花ヘルムヴィーゲ | 依頼：想い出のフォトフレームを探そう！ | |
| 霊花ジークルーネ | 依頼：ランブルの可能性を見つけよう！ | |
| 天花ロスヴァイセ | 依頼：封印の石版を探そう！ | |
| アヴァロンの書 | ヤシャス山 -AF110- | 時の迷宮 |
| シャンバラの書 | ヤシャス山 -AF100- | 時の迷宮 |
| ヴァルハラの書 | 時の迷宮 |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| トルエノの残光 | ヴァイルピークス -AF200- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| バラクの残光 | ヴァイルピークス -AF010- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| ファルガーの残光 | ヴァイルピークス -AF200- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| レイの残光 | ヴァイルピークス -AF010- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| サンダーの残光 | ヴァイルピークス -AF200- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| ブリッツの残光 | ヴァイルピークス -AF010- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| チーム・ブリッツ作戦報告書 | ヴァイルピークス -AF200- | 依頼：ブリッツ隊を探そう！ |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| ハートプリズム | ネオ・ボーダム -AF003- | 依頼：ノラの医療キットを探そう！ |
| ウィタ・リリカ | ビルジ遺跡 -AF005- | 依頼：軍用コミュニケーターを探そう！ |
| アニマ・ミセリア | 依頼：シルバーペタルの花を探そう！ | |
| ウニオ・ミスティカ | 依頼：神経作動薬を2錠探そう！ | |
| アルス・シンフォニカ | 依頼：シークレットファイルを探そう！ | |
| パトス宝珠 | ヤシャス山 -AF010- | 隠しトレジャー(発掘現場) |
| ミザリー霊珠 | 依頼：ベヒーモスの牙を採取せよ！ | |
| アムール魔珠 | 依頼：旧式バッテリーを探そう！ | |
| イノセンス聖珠 | 依頼：なくした時計を探そう！ | |
| クロトーの宝玉 | ヤシャス山 -AF01X- | 依頼：壊れた石版を取り戻そう！ |
| ラケシスの宝剣 | 依頼：フェンリルの果実を探そう！ | |
| アトロポスの宝鏡 | 依頼：3種の流星を探そう！ | |
| おおきなたまご | ヲルバ郷 -AF200- | 隠しトレジャー(白い砂漠) |
| ふしぎなたまご | サンレス水郷 -AF300- | トレジャー(つたかずらの森) |
| もこもこ石 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 依頼：3種のウールを刈りに行こう！ |
| セッツァーのダイス | 逸楽の宮殿ザナドゥ -AF???- | 景品「セッツァーのダイス」を入手 |
| カルテシアン式盤 | ネオ・ボーダム -AF700- | 隠しトレジャー |
| ラプラシアン方陣 |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| 襟章：なぞなぞ二等兵 | 新都アカデミア -AF4XX- | ダディベアのクイズに正解する ダディベアは初回時のみ、エントランスにいる |
| 襟章：なぞなぞ軍曹 | ダディベアのクイズに2問連続で正解する | |
| 襟章：なぞなぞ大尉 | ダディベアのクイズに3問連続で正解する | |
| 襟章：なぞなぞ大佐 | ダディベアのクイズに4問連続で正解する | |
| 襟章：なぞなぞ大将 | ダディベアのクイズに5問連続で正解する | |
| ストアの徳 | エントランスのクイズ端末で10問連続で正解する | |
| エピクロスの楽 | グランアベニューのクイズ端末で10問連続で正解する | |
| リュケイオンの和 | ニュータウン南のクイズ端末で10問連続で正解する | |
| アカデメイアの智 | ニュータウン北のクイズ端末で10問連続で正解する |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| グラビトンコア・アルファ | ネオ・ボーダム -AF003- | 隠しトレジャー |
| グラビトンコア・ベータ | ビルジ遺跡 -AF005- | 隠しトレジャー 要チョコボ |
| グラビトンコア・ガンマ | ヲルバ郷 -AF200- | 隠しトレジャー 要チョコボ |
| グラビトンコア・デルタ | 新都アカデミア -AF400- | 隠しトレジャー |
| グラビトンコア・イプシロン | ヤシャス山 -AF100- | 隠しトレジャー |
| グラビトンコア・ゼータ | ヲルバ郷 -AF400- | 隠しトレジャー |
| グラビトンコア・イータ | サンレス水郷 -AF400- | 隠しトレジャー |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| 閃光の言霊 | ヴァイルピークス -AF200- | 話：ライトニング(依頼：ブリッツ隊を探せ！クリア後) |
| 慈父の詩情 | ヴァイルピークス -AF200- | 話：サッズ(オーディン・ダスク撃破後) |
| ヴァニラの聖果 | ネオ・ボーダム -AF00X- | ヴァニラ達と会話後トレジャー |
| ファングの花冠 | ネオ・ボーダム -AF00X- | |
| ホープのメッセージ | ネオ・ボーダム -AF700- | 集落の広場にある隠しトレジャー |
| ノエルのメッセージ | ネオ・ボーダム -AF700- | クリア後？ |
| セラのメッセージ | ネオ・ボーダム -AF700- | クリア後？ |
| ひなチョコボの綿毛 | 逸楽の宮殿ザナドゥ -AF???- | チョコボレース会場のひなチョコボ |
| ラッキーコイン | スロット(条件複数) | |
| プライスレスギフト | 景品「たったの1ギル」を入手 | |
| 貴石ラピスラズリ | サンレス水郷 -AF400- | 迷子のプリンを見つける |
| 奇石ヘリオドール | ||
| 純石カーネリアン | ||
| 華石セレスタイン | ||
| 聖石コスモオーラ |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| アルテマの烙印 | 死にゆく世界 -AF700- | 集落の井戸の中(モグ投げ) |
| オメガの烙印 | 出現ゲートの西の山の上(モグ投げ) | |
| カオスの烙印 | 出現ゲートから南の橋を渡った先の隠しトレジャー(ネオ・ボーダムAF700のモグサーチ強化イベント以降取得可能) | |
| 薄紅水晶 | アルカキルティ大平原 -AF???- | 赤サボテンダーの石碑でテレポートする |
| 群青水晶 | ||
| 深緑水晶 | ||
| 浅黄水晶 | ||
| 紫紺水晶 | ||
| エトロの哀しみ | 時空の狭間 -AF???- | ユールに話しかける |
| パルスの不屈 | ||
| リンゼの焦がれ | ||
| ムインの慈しみ | ||
| ブーニベルゼのまどろみ |
| 名前 | 入手場所 | 入手方法 |
| 写本：巨兵たちの大戦 | アルカキルティ大平原 -AFXXX- | ビルジ遺跡 -AF005-でアトラスを装置を使わず倒す |
| 写本：償いの夢路 | ヲルバ郷 -AFXXX- | ヲルバ郷 -AF200-でグランドクロスをセットしカイアスを倒す |
| 写本：プリンをもってプリンを制す | サンレス水郷 -AFXXX- | サンレス水郷 -AF300-で完熟大王を倒す |
| 写本：魂のレプリカ | アガスティアタワー -AFXXX- | アガスティアタワー -AF200-でグランドクロスをセットしデミ・ファルシを倒す |
| 写本：ふたりの門出 | 新都アカデミア -AF4XX- | アリサからオーパーツを受け取らない |
| 写本：世界の終わりの空 | ネオ・ボーダム -AFXXX- | 時空の狭間 -AF???-でグランドクロスをセットしカイアスを倒す |
| 写本：混沌を継ぐもの | 死にゆく世界 -AFXXX- | 死にゆく世界 -AF700-でグランドクロスをセットしカイアスを倒す |
| 写本：とこしえの安息 | ネオ・ボーダム -AF00X- | ライトニングとのライブトリガーでこの世界を受け入れると答える |
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