ヒューズ
全主人公で仲間になる。朱雀の山はクリアするのが難しいものの、朱雀戦で全滅してもゲームオーバーにならずに戻れるので仲間にすること自体は序盤でも問題なくできる。
リマスター版では引き継ぎがある上に主人公としても使用できる。
特に強ボスと戦うやり込み要素はヒューズ編に集中しているため、やり込み要素に挑戦する場合は必ずヒューズを育てる必要がある。
やり込み向けボスに挑戦しない場合は育成優先度は下がるものの、仲間にしやすいことや成長率のソツのなさから育てて損はない。

ゲン
加入条件が簡単な上に全主人公で仲間になる。
剣技をよく閃き、HPやSTRなど能力値の成長率も高く、高性能な流星刀の入手にも関わるため、理由がなければ必ずパーティに入れたい人材。剣技コンプリートの際に適性の無いカナ系の技で苦戦する場合あり。LP10が有難い。

ルージュ
クーン、T260G、ブルー以外では仲間になる上にすぐに加入させられるのが魅力。INT・WILの成長率が最高で、術を使わせれば右に出るものはいないほどのキャラクター。
ブルー編（およびブルー編クリア後のヒューズブルー編）をクリアすれば、JP・INT・WIL・PSY2倍の引継ぎができる。ルージュをベースに合体しなくても良い。

ヒューズ編ではブルーを選択するとヒューズが陽術の資質を確定入手(＝陰術消滅)、ルージュを選択すると陰術の資質を確定入手(＝陽術消滅)。また、NEWGAME+で引き継ぎしていない場合、時の君が加入する段階で自動的に砂の器を入手してヒューズの最大LPが1減少する。

ブルー
性能的にはルージュと同等だが、本編では仲間にできないのが最大のネック。しかし、ヒューズ編では全ての個別シナリオ（ルージュルート除く）で仲間にすることが可能。
また、ヒューズブルー編はルージュルートよりもブルールートの方がクリアが楽。やり込み要素に挑戦する場合は、ルージュよりもブルーを優先して育てる選択肢もある。

エミリア
ゲンさんと同じく、加入条件が簡単な上に全主人公で仲間になる。
平均的に能力値が高めで、特にWILの数値が高くなりやすいので、銃を使わせると良い。HP・STR・QUIも悪くはないので、剣や体術を使わせても活躍できるようになる。
自身のシナリオでは閃き適正をある程度いじれるのが強み。

リュート
スクラップで話しかけるだけで加入し、全主人公で仲間にできる。
能力値や成長率などは最低クラスだが、仲間にしやすさという点では最高のキャラ。
引き継ぎのあるリマスター版なら簡単に加入するキャラクターのほうが便利なので、誰か1人の主人公ではラスボス戦に連れ回せるくらいに育てておくと良い。
ゲンと同じく最大LPが10あるのも強み。

ルーファス
レッド、ブルー、エミリア、リュートで仲間になり、加入条件も簡単。
エミリアと似た感じで平均的に能力値が高め。何を使わせても問題なく活躍できる。

アニー
全主人公で仲間になる。加入条件もそこまで難しくないので中盤までには仲間にできる。
剣技を習得しており、能力値的にもゲンさんに近いが、カナ系以外の技は覚えにくいなど閃き適正などでは劣る。スマッシュ→デッドエンド→ロザリオインペールとつなげる事はできる。

ライザ
エミリア、レッド、ブルーで仲間になる。
体術を閃きやすい。投げ技専門でスライディング以外ならDSCに必要な技を覚えやすい。
体術だけならフェイオンも仲間になりやすくてオススメだが、ライザは剣技や術を使わせても悪くないのが利点。

メイレン
序盤で加入させることができる。レッド、アセルスでは加入せず、クーンでは途中で離脱する。
ルージュに続いて術が強い。特に周回プレイではルージュでは引き継ぎできない術があるのでメイレンの需要価値が上がっている。STRが低いので剣技や体術を使わせたいのであれば他キャラのほうが無難。

その他のキャラクターについて
特定の主人公や、条件付きであれば他にもオススメのキャラクターがいる。
アセルス：本編ではエミリア編でしか最後まで使えないがオススメ。白薔薇姫と共にアセルス編をプレイする前の育成用に。
艦長：リュート編でしか仲間にならないがオススメ。初回プレイでリュート編をやる場合に本領を発揮できる。
ドール：レッド編でのみ加入。ヒューズ編をやる前に育成する場合には加入させておく価値はある。

メサルティム
T260G以外で仲間にできる。アセルス以外ではヌサカーンか時の君が仲間にいると加入する。ヌサカーンが仲間にならないレッド、リュート、エミリアでは加入が遅くなるので成長させるのに少し手間がかかってしまうのが難点。
生命の雨やメイルシュトロームが使えるようになり、固定装備により水に完全耐性がある。また、印術の資質を持つ。

T260G
ブルー、リュート、クーンで仲間になる。
有用な剣闘マスタリー、多段斬り、びっくりソルジャーなどを自己開発できる。
自身が主人公のシナリオを経由すればボディ換装&高ランクメカ狩りによりプログラムコンプも狙える。wpが50と低いが固定装備が1つしかないのが逆に強み。ヒューズ編で使用するメカの第1候補。

特殊工作車
エミリア、アセルス以外で仲間になる。
T260Gと同様の剣闘マスタリー、多段斬り、びっくりソルジャーに加えてどっきりナイツも自己開発できる。
メカに対する回復役としても便利なのがうれしい。

済王
全ての主人公で仲間になる。
聖歌など優秀な技を最初から持っており、条件次第では最強モンスターの一角であるデュラハンへの変身も簡単なので、手間をかけずに強い仲間が欲しい場合などは有用。

サンダー
リュートを仲間にする必要はあるものの、全ての主人公で仲間になる。
戦闘しないで仲間になるにしては最初からHPが高く、「グランドヒット」を所持しているので序盤でのお助け要員として活躍できる。
また、所持している電撃はトリケプスの変身条件になっており、トリケプスに変身しやすい要因になっている。

コットン
全ての主人公で仲間になる。
初期性能としてはかなり弱いものの、レッド編では仲間が足りない序盤で加入可能など、加入のしやすさが強み。
また、レッド編ではシナリオの流れでスフィンクスと戦えるため、いきなりスフィンクスへの変身が狙える即戦力。
モンスター版のリュート的存在である。

クーン
アセルス編・レッド編以外で仲間になる。
初期性能としては最弱だが、クーン編では主人公のため確実に第一パーティーに入れる必要があるので、前もって育てておいて損はない。

麒麟
ブルー以外で仲間になる。加入すると空術を買えなくなるので注意。
最初から麒麟という特別なモンスターなので、変身せずともそれなりに強い。
また、唯一モンスターで空術が使えるのもメリット。ヴォーテクスが地味に便利で特定の敵との戦闘で役立つ。全体攻撃術のリバースグラビティもヒューマンの超風などと比べると弱いが実用の範囲内。麒麟の歌を消すと、麒麟に戻れなくなるので注意。