どのシナリオを進行させたかによってシナリオ分岐していきます
ここでは共通シナリオとなる緋の欠片、シグフレイ、大地の蛇、不死鳥の4つのシナリオの分岐になります
基本的にレオナルド編以外は同時進行ができないのでイベントを発生させた時点でルートが固定されます
主にラスボス直前の会話の内容、ラスボス直前の戦闘の有無、ラスボスの強化などに影響を及ぼします
クリアした共通シナリオの組み合わせとラスボス前にどのシナリオを選んでいるかで変化
また、選んだ共通シナリオの組み合わせや順番によって仲間になるキャラクターや得られるアイテムが異なる場合もあります
ウルピナ編は3章構成でシナリオが進む。
1章は大地の蛇（ウルピナ編特別仕様）固定で、2章と3章は緋の欠片・シグフレイ・不死鳥から行うシナリオを1つずつ選ぶ。
1章では移動範囲の制限があるが2章から世界全域を自由に回れるようになる。
3章ではシナリオを追わずにラスボスに行くことが可能
| 1章 | 2章 | 3章 |
| 大地の蛇 | 緋の欠片 | シグフレイ |
| 不死鳥 | ||
| シグフレイ | 不死鳥 | |
| 緋の欠片 | ||
| 不死鳥 | 緋の欠片 | |
| シグフレイ |
ウルピナ編同様に3章構成でシナリオが進む。
1章は不死鳥固定で、2章と3章は大地の蛇・緋の欠片・シグフレイから行うシナリオを1つずつ選ぶ。
1章では移動範囲の制限があるが2章から世界全域を自由に回れるようになる。
| 1章 | 2章 | 3章 |
| 不死鳥 | 大地の蛇 | 緋の欠片 |
| シグフレイ | ||
| 緋の欠片 | 大地の蛇 | |
| シグフレイ | ||
| シグフレイ | 大地の蛇 | |
| 緋の欠片 |
レオナルド編は章の概念はなく、クリアに必須となるのは
1. アスワカンの帝国図書館でアイ・ハヌムの話を聞く
2. 北東界外の精霊の湖でイベントを見る
の2つを行うのみ。
スタート直後のイベントだけ行えば世界全域を自由に回れるようになるほか、共通シナリオ（緋の欠片・大地の蛇・不死鳥・シグフレイ）はすべてゲームスタート直後から発生し同時進行でき、やってもやらなくても自由となっている。
共通シナリオの展開はやや特殊で、大地の蛇では蛇の元締めを倒すことはなく、不死鳥では羽を使って軌跡を追うことはしない等、全体的に簡略化されている。また、シグフレイ関連で行うのはごく一部だけとなる。
ほとんどバトルせずにラスボス直前まで進められるが、上記1. を行うとヴィクトリアを以後仲間にできなくなり、2. を行うとさらに多数のキャラクターを以後仲間にできなくなるので、仲間を多く揃えたい場合やウルピナ加入のトロフィー獲得を目指す場合は、あまり急いでメインシナリオを進めないよう十分な注意が必要。
バルマンテ編では最初から最後までシグフレイがメインシナリオとなって物語が進む。
ただし、メインシナリオを進めていく途中でメインシナリオがしばらく中断する機会が2回あり、この間に残りの共通シナリオ（緋の欠片・大地の蛇・不死鳥）を1つずつ完遂することで、メインシナリオが再開する仕組みになっている。
バルマンテ編では移動範囲の制限が厳しく、通行可能な州を増やすには主にメインシナリオの進行に頼ることになり、共通シナリオを行えるのも基本的にメインシナリオで行けるようになった範囲内のみとなる（イルフィー海など例外もある）。
また、メインシナリオの終盤の分岐でパートナーであるアーサーが離脱する場合があり、この場合は移動範囲が著しく制限されてしまうため注意がいる。
ラスボス直前の状況で世界を広く回りたいのであれば、メイン・共通シナリオの重要なボス戦ではアーサーをバトルに参加させておいたほうがよい。
| メイン1 | 共通1 | メイン2 | 共通2 | メイン3 |
| シグフレイ （モウレワ～ ハイバーニア） | 大地の蛇 or緋の欠片 or不死鳥 | シグフレイ （ロニクム～ 北東界外） | 大地の蛇 or緋の欠片 or不死鳥 | シグフレイ （アスワカン） |
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