本編とは別に用意されたサイドストーリー
過去のエピソードや各隊員にフォーカスしたシナリオになっている
| 目次 |
| 名前 | 条件 | 戦闘 | 備考 |
| E小隊、始動 | 2章クリア後 | 有り | |
| 隠された銃弾 | 7章クリア後 | 有り | |
| 思い出の贈り物 | 11章クリア後 | 無し | |
| 魔女と野獣 | 13章クリア後 | 無し | |
| 湯煙の休戦 | 終章 医務室 | 無し | 8章と9章の間 サブエピソード「極光の下で」(13章)が解放 |
各断章に対応した隊員がおり、基本的には「対応した隊員が全員生存している(慰霊碑からの復活も可)」かつ「いずれかの隊員の戦闘中のCP消費量の合計が40以上になる」と発生する。判定に使うCP消費量には出陣した戦闘ごとに補正倍率がかかっており、概ね以下のとおり。(クリア前の遊撃戦闘を基準とする)。
| 戦闘 | 倍率 |
| 本編中の戦闘 | 2倍 |
| 断章中の戦闘 | 1.5倍 |
| クリア後に出現する遊撃戦闘 | 3倍 |
初期階級が二等兵の隊員については、CP消費量20以上で上等兵昇格、40以上で伍長昇格になるのでそれを目安にするといい。(昇格によるストッパーはなく40以上でいきなり2階級昇格も可)。元から階級が高い隊員についてもCP消費量40以上で条件達成となる。
| 名前 | 隊員 | 備考 |
| 隊員断章 変わらぬもの | カルト、ローラン、エリーン | エリーン加入後 |
| 隊員断章 悲しき人を救いたい | ニコ、ロゼッタ、ゴドウィン | 1章以降 |
| 隊員断章 陰の努力家 | アラディン、レオンハルト、ネージュ | 8章以降 |
| 隊員断章 E小隊の問題児 | サイモン、ヴィオラ、エメ | サイモン加入後 |
| 隊員断章 孤独な戦士達 | スチルショッツ、ルフ | ゲームクリアし、海軍メンバー加入後 |
| 隊員断章 誇りと信念と過ちと | フルーレ、レベッカ、メーベル | メーベル加入後 |
| 隊員断章 違うもの、同じもの | ザイガ、ヴァンティ、ガートルード | 6章以降かつガートルード加入後 |
| 隊員断章 ガールズトーク | ミレニア、ブリトニー、リタ | 6章以降 |
| 隊員断章 自由を求めて | アズサ、スコット、ノリド | 9章以降 |
| 隊員断章 支援の形 | ダン、オラール | 4章イベントでダン加入後 |
| 隊員断章 F小隊の誇り | ロナルド、ライアン、カイゲル | 8章イベントでロナルド加入後 |
| 隊員断章 仮面の少女 | スタンレー、ジェニー、フェリエ | 4章以降 |
| 隊員断章 数学者の恋 | イーファ、ヤーシュ、ハンナ | 9章以降 |
| 隊員断章 不運と幸運 | オーディン、リリィ、ジミー | 5章以降 |
| 隊員断章 借金王の災難 | ジェスター、テレサ、コナー | 2章以降 |
| 隊員断章 海軍魂 | ブライアン、セルジオ、アンドレ | ゲームクリアし、海軍メンバー参入後 |
| 隊員断章 騎士道精神を胸に | ミネルバ、クリステル | ゲームクリアし、クリステル加入後 クリステルのCP消費量合計40以上必須 |
追加DLCには4つセットになったシーズンパスがあります
| 名前 | ミッション名 | 備考 |
| 先行特別作戦 | 初回特典 | |
| 第7小隊との共同戦線 | 二小隊合同演習 | 限定版特典 |
| 二方面迎撃作戦 | ||
| 技術者ふたり | ||
| E小隊、海へ！ | 帝国輸送拠点襲撃 | 2018年3月29日配信(1500円) 本編10章クリア後 |
| 水着と弾丸 | ||
| 隊長不在のE小隊 | 黒熊の群れ | 2018年4月5日配信(1000円) 本編10章クリア後 |
| 吹雪との遭遇 | ||
| ピクニックの代償 | ||
| 遊撃戦闘 HARD-EX | ハーフェン号護送作戦 | 2018年4月12日配信(1000円) 本編18章クリア後 |
| 電撃制圧作戦 | ||
| 窮地からの脱出 | ||
| 橋をめぐる攻防 | ||
| 闇夜の解放作戦 | ||
| 精鋭部隊同士の激突 | ||
| ふたりのヴァルキュリア | 選ばれない者 | 2018年4月19日配信(1500円) 本編18章クリア後 |
| 選ばれた者 |
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